1)循環水沖式生態廁所總體上需設置膜組件處理單元，易受無機鹽類污染，操作要求較高，動力消耗大(電費達5000余元)，減量化程度不高，   不   ，為減少臭味需定期及時排污和補充清水，存在著污染物累積趨勢，人數超載時生物處理效果較差。

2)免水打包型生態廁所清運成木較高、勞動環境較差，在清運過程中排泄物   有可能泄漏造成。次污染，且部分包裝材料不易降解。

3)免水微生物堆肥型生態廁所降解菌種單一，好氧型動力消耗大，厭氧型。次污染嚴重，減量化程度不高，需考慮肥料的出路。

4)目前，免水降解型生態廁所的問題是：使用的微生物原種還依賴于日本進，成本高，約占每天200人次糞尿單蹲位主機價格的15%-20%；降解菌原種的篩選、馴化、、純化方面的關鍵技術的國產化還存在諸多難點，對產業化是一個制約因素；尿液比例大時要維持生物反應器的正常運行，還是一個難題。關于接待人次與降解效率、運行溫度與、晝夜的管理、節假日與平時管理，均需   其內在的規律和自動運行方法，使運行經驗提升為專家系統。

5)目前家庭使用的免水生態廁所還是空白。在技術上，目前任何一種生態廁所都不能   滿足家庭環境使用的要求，另外在觀念上生態廁所被家庭所接受也需要時日。